Markus Münch (ur. 7 września 1972 w Nußloch) – niemiecki piłkarz, grający na pozycji obrońcy.
Kariera piłkarska Markus Münch karierę piłkarską rozpoczął w drużynie juniorskiej SV Sandhausen. Natomiast profesjonalną karierę rozpoczął w 1990 roku w Bayernie Monahium w 1990 roku. Debiut Müncha w drużynie Bawarczyków miał miejsce w 20 marca 1990 roku na Estádio do Dragão w Porto w wygranym 0:2 rewanżowym meczu wyjazdowym z FC Porto w ramach ćwierćfinału Pucharu Europy, zastępując w 85. minucie Christiana ZiegePorto-Bayern 1990 History . Ponieważ Münch w Bayernie Monachium nie zdołał wywalczyć miejsca w podstawowej jedenastce, w 1994 roku przeniósł się do Bayeru Leverksusen, w którym występował do 1996 roku. Potem wrócił do Bawarczyków, gdzie w latach 1996–1998 rozegrał zaledwie 11 meczów.
Następnymi klubami w karierze piłkarskiej Müncha były: FC Köln (1998), włoskie FC Genoa (1998–1999), turecki Beşiktaş Stambuł (1999–2001), gdzie trenerem był jego rodak, były reprezentant RFN – Hans-Peter Briegel, Borussia Mönchengladbach (2001–2003).
W 2003 roku przeniósł się greckiego Panathinaikosu Ateny, w którym pierwszy sezon był najlepszym w karierze Müncha: mistrzostwo Grecji, Puchar Grecji, a także nagroda dla najlepszego Obcokrajowca Superleague Ellada.