Jednak recesja budowlana, jaka miała miejsce pod koniec stulecia spowodowała upadek firmy i sprzedaż terenu Charlesowi Hebardowi w 1901 roku. Wyrąb drewna, skoncentrowany na pozyskiwaniu cyprysów, rozpoczęto w 1909 roku, po zbudowaniu od północnego zachodu dróg dochodzących do bagien. Wywieziono ponad jeden milion m³ drewna do 1927 roku, kiedy to pozyskiwanie zakończono. W 1918 roku powstało stowarzyszenie The Okefenokee Preservation Society, którego zadaniem było promowanie ochrony bagien i utworzenie obszaru chronionego. Teren bagien został przekształcony w Okefenokee National Wildlife Refuge dekretem prezydenta Franklina Delano Roosevelta w 1937 roku i obejmował początkowo km². W 1974 roku około 80% terenu Okefenokee została objęta systemem National Wilderness Area, który prawnie zobowiązuje do zachowania obszaru w niezmienionym przez człowieka stanie.