Wpływy Nasera w kraju i jego popularność nadal rosły i wkrótce to on faktycznie kontrolował sytuację w Egipcie. Pod presją Nasera i jego zwolenników wiosną 1954 doszło do aresztowań niechętnych im wydawców i wykładowców uniwersyteckich, zaś 14 kwietnia 1954 zabroniono działalności państwowej osobom sprawującym stanowiska w służbie publicznej w latach 1946-1952. Kroki te skłoniły Muhji ad-Dina do wystąpienia z Rady Rewolucyjnych Dowódców. Do ścisłej elity władzy powrócił, gdy Naser przyjął w polityce wewnętrznej kurs socjalistyczny. W październiku 1956 powierzono mu stanowisko redaktora jednego z pism rządowych. Został także sekretarzem egipskiej monopartii - Unii Narodowej, utworzonej w 1957.
Pozostawał aktywny w polityce egipskiej po śmierci Nasera i objęciu urzędu prezydenckiego przez Anwara as-Sadata. Po restytuowaniu przez niego systemu wielopartyjnego w Egipcie, co nastąpiło w 1976, Muhji ad-Din został przewodniczącym lewicowej Narodowo-Postępowej Partii Zjednoczenia. Znajdowała się ona w zdecydowanej opozycji wobec polityki as-Sadata.