Historia Światowe Towarzystwo Medyczne zostało założone 18 września 1947 r., gdy lekarze z 28 różnych państw spotkali się na Pierwszej Sesji Ogólnej WMA w Paryżu. Pomysł utworzenia tej organizacji wyszedł od Brytyjskiego Towarzystwa Medycznego (British Medical Association) w 1945 roku, na spotkaniu zorganizowanym w Londynie. Zaproponowano powstanie nowej międzynarodowej organizacji medycznej zastępując dotychczasowy Międzynarodowy Związek Zawodowy Lekarzy – „l'Association Professionnelle Internationale des Médecins”, który musiał zawiesić swoją działalność z powodu II wojny światowej.
Aby ułatwić wsparcie finansowe swoich stowarzyszeń członkowskich, w 1948 roku, Zarząd Główny, znany Radą, powołał Sekretariat Światowego Towarzystwa Medycznego (WMA Sekretariat) w Nowym Jorku, którego zadaniem było zapewnienie ścisłej współpracy z Organizacją Narodów Zjednoczonych ONZ oraz jej różnymi organizacjami. Sekretariat WMA pozostał w Nowym Jorku do 1974 roku. Ze względów ekonomicznych oraz bliskiej współpracy z innymi międzynarodowymi organizacjami w Genewie (WHO, ILO, ICN, ISSA, itp.) został przeniesiony do Ferney-Voltaire we Francji, gdzie pozostaje do dziś.