Rada – Council Walne Zgromadzenie co dwa lata wybiera Radę WMA, składającą się z przedstawicieli z sześciu regionów świata: Afryki, Azji, Europy, Ameryki Łacińskiej, Ameryki Północnej oraz Pacyfiku. Każdego roku Rada WMA wybiera Prezydenta, który jest honorowym przedstawicielem organizacji. Prezydent, Prezydent elekt i ustępujący Prezydent są upoważnieni do wypowiadania się w imieniu WMA i oficjalnego reprezentowania Towarzystwa. Co dwa lata, Rada, wykluczając Prezydium wybiera Przewodniczącego Rady, który jest politycznym szefem organizacji. Dyrektorem Naczelnym jednostek organizacyjnych jest Sekretarz Generalny, który jest powoływany przez Radę i pracuje w pełnym wymiarze czasu pracy. Obecnie funkcję tę pełni dr Otmar Kloiber.
Sekretariat Sekretariat organizacji (WMA Secretariat) znajduje się w Ferney-Voltaire we Francji, w pobliżu Genewy.
Oficjalne języki Od początku założenia oficjalnymi językami Towarzystwa są angielski, francuski i hiszpański.
Członkostwo w WMA mały|Członkowie Zgromadzenia Ustawodawczego WMA – Mapa Świata Organizacja ma następujące statusy członkostwa:
Członkowie Zgromadzenia Ustawodawczego (Constituent Membership), którzy reprezentują krajowe towarzystwa medyczne z różnych krajów świata.