29 lipca 1959 na mocy ustawy parlamentu została utworzona marynarka wojenna Republiki Ghany. Siły morskie były podzielone na dwie części z siedzibami w Tokardi i Akrze. Pierwszym dowódcą został kapitan Archibald George Forman, emerytowany oficer brytyjskiej marynarkiS. Addoe, General History of Ghana Armed Forces: a reference volume, 2005, s. 466-467.. We wrześniu 1961 roku prezydent Nkrumah zdecydował o zakończeniu udziału brytyjskich oficerów w dowodzeniu siłami morskimi Ghany. Pierwszym rodzimym dowódcą MW został kontradmirał David Anumle Hansen.
Organizacja Na szczycie struktury organizacyjnej MW Ghany znajduje się jej dowództwo, którego siedzibą jest Burma Camp, znajdujące się w stolicy państwa Akrze. Obecnie istnieją dwa dowództwa operacyjne: Wschodnie z siedzibą w Tema i Zachodnie z siedzibą w Sekondi.