Dopiero mediacja Wielkiej Brytanii ze stycznia 1836 roku pozwoliła na zawarcie ugody, na mocy której Francja zapłaciła zaległe raty, a poselstwa w obu krajach wznowiły działalność.
Największym kryzysem wewnętrznym pierwszej kadencji prezydenta była ustawa z 1828 roku, zwana „cłem odrazy”, która zakładała ochronę interesów stanów północnych i z tego powodu była ostro krytykowana na Południu. W 1832 ratyfikowano podobną ustawę, na co Karolina Południowa zareagowała groźbą odstąpienia od Unii. Jackson był zdecydowanym zwolennikiem utrzymania jedności kraju, dlatego 4 grudnia 1832 roku poszedł na ustępstwa i obniżył taryfy celne, jednocześnie zaznaczając, że jakakolwiek próba secesji będzie równoznaczna z wypowiedzeniem wojny. Poprosił także Senat o zgodę na użycie rozwiązań militarnych w przypadku odłączenia Karoliny Południowej od Unii, do czego jednak nie doszło. Jego głównym politycznym przeciwnikiem w tym sporze był wiceprezydent John Calhoun, którego Jackson uznał za zdrajcę i nie desygnował go na dotychczasową funkcję w wyborach w 1832.