Wobec jednostek wojennych swoich i obcych SG nie miała prawa interwencji, a tylko złożenia meldunku władzom wojskowym i celnym.
Na podstawie tego rozporządzenia oraz innych, regulujących działanie SG oraz użycie broni przez służby państwowe, wydano instrukcję dla SG, określającą formy pełnienia służby przez jej jednostki morskie: dozory, rejsy patrolowe, pościgi i konwojowanie. Dalej określone zostały w niej: tryb postępowania w czasie kontroli, sposób współdziałania z lądowymi organami kontroli granic oraz warunki użycia broni.
Jednostki Flotylli formalnie były niewojennymi statkami państwowymi i nosiły banderę Polskiej Marynarki Handlowej, a na maszcie w czasie służby flagę z godłem Ministerstwa Skarbu w postaci żółtego symbolu laski Merkurego na białym tle. W nocy oznakowane były na służbie dwoma fioletowymi światłami na maszcie, ustawionymi pionowo nad sobą w odległości 1 metra.
Umundurowanie załóg odpowiadało krojem mundurom marynarskim, ale było wykonane z materiału w kolorze khaki.