Od 1981 był konsultorem Kongregacji Spraw Świętych, Najwyższego Trybunału Sygnatury Apostolskiej, a od 1995 roku Kongregacji ds. DuchowieństwaZmarł prałat Opus Dei, bp Javier Echevarria - episkopat.pl. 20 kwietnia 1994 został wybrany i mianowany przez Jana Pawła II prałatem Opus Dei. Następnie, 6 stycznia 1995 w bazylice Świętego Piotra, papież konsekrował go na biskupa tytularnego Cibilii.
Piastował godność Wielkiego Kanclerza Uniwersytetu Piura (Peru), Uniwersytetu Nawarry (Hiszpania), Papieskiego Uniwersytetu Św. Krzyża (Rzym) i honorowego rektora Uniwersytetu Austral (Argentyna).
W czasie kierowania Prałaturą Opus Dei (1994–2016) nastąpił dalszy wzrost liczby członków z 75.000 do 92.000. W tym okresie wyświęcił ponad 600 księży wywodzących się z szeregów Opus DeiEn recuerdo de Mons. Javier Echevarría - almudi.org (hiszp.)Personal Prelature of Opus Dei - catholic-hierarchy.org (ang) a także rozpoczęto pracę apostolską w 16 nowych krajach (1994 Litwa, 1996 Estonia, Słowacja, Liban, Panama i Uganda; 1997 Kazachstan; 1998 Afryka Południowa; 2003 Słowenia i Chorwacja, 2004 Łotwa; 2007 Rosja; 2009 Rumunia, Indonezja i Korea Połudn.;