Umajjadzi Po śmierci Mahometa kolejni muzułmańscy przywódcy kontynuowali rozbudowę i upiększanie meczetu. W 707 r. umajjadzki kalif Al-Walid ibn Abd al-Malik wyburzył starą strukturę i zbudował w tym miejscu jeden duży meczet, w którym znalazł się również grobowiec Mahometa. Nowa świątynia mierzyła 84 m na 100 m i zbudowana była z kamieni oraz kamiennych kolumn. Ściany zaś zostały ozdobione mozaikami przez koptyjskich i greckich rzemieślników, a dziedziniec otoczono czterema minaretami.
Abbasydzi W latach 778–781 abbasydzki kalif al-Mahdi usunął północną część meczetu w celu dalszej rozbudowy, oraz dodał dwadzieścia nowych wejść: po osiem od strony wschodniej i zachodniej i cztery od północnej.
Mamelukowie Za rządów mameluckiego sułtana Kalawuna, nad grobowcem Mahometa wzniesiono kopułę i miejsce do rytualnego obmycia. Później inny sułtan An-Nasir Muhammad odbudował jeden z minaretów, który został wcześniej zniszczony.
Osmanowie thumb|Meczet Proroka w XIX wieku
Osmańscy sułtani, którzy kontrolowali Medynę od 1517 r. do I wojny światowej również wprowadzili w meczecie wiele swoich zmian.