Jednak po rozjechaniu się szlachty do domów, a także po zawiązaniu przez wojska kwarciane konfederacji pod przewodnictwem Aleksandra Tyrawskiego, rozżalony Jan Kazimierz chciał zostać w Krakowie i zginąć podczas jego obrony, powiedzieć miał (wg Wespezjana Kochowskiego):„na tym miejscu ukoronowanym królem zostałem, na tym niech i ginę”Królewski pomysł ten został wyperswadowany przez wojskowych dygnitarzy, radzących mu udać się na Śląsk by prosić Cesarza Rzymskiego Ferdynanda III Habsburga o pomoc. Jan Kazimierz, obsadziwszy wpierw Kraków piechotą pod dowództwem Stefana Czarnieckiego, ruszył wraz z pozostałym wojskiem na wschód, a następnie rozdzielił się z hetmanem polnym Lanckorońskim pod Wiśniczem, zmienił kierunek i udał się na południe do swoich majątków na Śląsku. W tym czasie, wojsko kwarciane dalej podążało na wschód w stronę Tarnowa, by wreszcie 26 września zatrzymać się pod Wojniczem. Oczekiwać miał tam na siły hetmana wielkiego koronnego Stanisława Rewery Potockiego, oraz na pospolite ruszenie i razem ruszyć na odsiecz Krakowa.