W pracy naukowej zajmował się językoznawstwem krajów bałtyckich, językoznawstwem romańskim, językoznawstwem indoeuropejskim, gramatyką historyczną, językoznawstwem ogólnym, latynistyką i hellenistyką. Był cenionym w Europie językoznawcą, wybitnym filologiem klasycznym – zwłaszcza znawcą gramatyki historycznej języka łacińskiego. Współtworzył „Słownik łacińsko-polski” pod redakcją Mariana Plezi.
Zmarł w Krakowie, pochowany na cmentarzu Rakowickim (kwatera V-18-8).
Był mężem Haliny ze Szczepowskich, I voto Datko (ślub 19 lipca 1932), prof. filologii rosyjskiej UJ; mieli córkę Wandę (1936–2024), I voto Dawidkową, II voto Baczkowską, historyka, pracownik Archiwum Uniwersytetu Jagiellońskiego, autorkę 43 biogramów w Polskim słowniku biograficznymZmarła Pani Wanda Baczkowska.. Pasierbicą Jana Safarewicza była Halina, zamężna Krzanowska, embriolog.