Africa Cup Kwalifikacje Cztery najniżej sklasyfikowane zespoły spotkały się w spotkaniach o awans do fazy grupowej. Zwycięsko z nich wyszły drużyny Kamerunu i Botswany, przechodząc jednocześnie do fazy zasadniczej odpowiednio do gru 3 i 4.
Faza grupowa Dwanaście uczestniczących reprezentacji zostało podzielone na cztery trzyzespołowe grupy rozgrywające spotkania systemem kołowym pomiędzy czerwcem a sierpniem 2008 roku. W swoich grupach zwyciężyły Uganda, Tunezja, Namibia oraz Wybrzeże Kości Słoniowej awansując do fazy pucharowej.
Mecz Zimbabwe–Senegal nie doszedł do skutku z powodu niepokojów politycznych. Grupa 1 Poz.DrużynaMeczePunktyStatusMWRP+-+/-1.22004831+17Półfinał2.10011013-3Turniej 20093.10012135-14
Grupa 2 Poz.DrużynaMeczePunktyStatusMWRP+-+/-1.22005318+35Półfinał2.21013839-1Turniej 20093.20022761-34
Grupa 3 Poz.DrużynaMeczePunktyStatusMWRP+-+/-1.22006027+33Półfinał2.21019152+39Turniej 20093.20022092-72
Grupa 4 Poz.DrużynaMeczePunktyStatusMWRP+-+/-1.22005932+27Półfinał2.21016747+20Turniej 20093.20022572-47