We wszystkich modelach układy ROM były montowane na podstawkach aby umożliwić łatwą wymianę.
Dla każdej z wersji powstały też zestawy modyfikujące oraz poprawiające błędy o nazwie TOSPATCH. Było to po części wynikiem powstawania różnego rodzaju rozszerzeń, głównie kart procesorowych jak również automatycznego zawarcia oficjalnych łatek poprawiających oficjalne błędy.
Pierwszą wersją TOSu z poprawkami był KAOS – oparty na poprawkach do wersji 1.4.
Następcy W okolicach 1992–1993 r., Atari zaczęło rozglądać się za możliwością wprowadzenia wielozadaniowości z wywłaszczeniem do TOSu. W tym celu zaadaptowało projekt MiNT i na jego bazie powstał MultiTOS. Zostało wydane kilka wersji, lecz niestety zanim projekt uzyskał niezbędną stabilność został zarzucony w związku z rezygnacja Atari z segmentu rynku komputerów domowych. Szczęśliwie, źródła systemu zostały wcześniej udostępnione na zasadzie bezpłatnej licencji i są do dziś rozwijane w projekcie FreeMiNT.
Komponenty Pierwsza wersja TOSu była dostarczona na dyskietce i wczytywana podczas startu komputera.