W czasie II wojny światowej blisko współpracował z egzarchą Krajów Bałtyckich (z ramienia Patriarchatu Moskiewskiego), metropolitą Sergiuszem. Udało mu się zdobyć u okupacyjnych władz niemieckich prawo do odprawiania nabożeństw w obozach dla jeńców radzieckich. W lipcu 1942 zamieszkał w monasterze Świętego Ducha w Wilnie i 26 listopada tego samego roku złożył w nim wieczyste śluby mnisze, przyjmując imię zakonne Jan. 3 stycznia 1943 został mianowany archimandrytą.
28 lutego 1943 przyjął chirotonię na biskupa ryskiego. Ceremonia odbyła się w soborze Narodzenia Pańskiego w Rydze pod przewodnictwem metropolity Sergiusza. W październiku tego samego roku hierarcha ten mianował biskupa Jana II kandydatem na swojego zastępcę. Po zamordowaniu Sergiusza biskup ryski był przez kilka miesięcy locum tenens Egzarchatu Krajów Bałtyckich. Kierował również prawosławną misją na Litwie, w ramach której sprawował opiekę duchową nad radzieckimi jeńcami i wysiedlonymi z Łotwy Rosjanami (do momentu, gdy Niemcy zabronili mu tego typu działalności). 22 września 1944 na żądanie władz niemieckich ewakuował się do Lipawy, a następnie emigrował do Niemiec.