Wówczas władze indonezyjskie krwało stłumiły wystąpienia Timorczyków, co przyczyniło się do objęcia zarządzania Timorem Wschodnim przez ONZ.

Zmiany polityczne spowodowały, że Międzynarodowy Komitet Olimpijski postanowił dać Timorczykom szansę wystąpu na igrzyskach olimpijskich w Sydney w 2000 roku. Ponieważ Timor Wschodni nie był jeszcze niepodległym państwem, reprezentanci występowali pod flagą olimpijską jako Niezależni Sportowcy Olimpijscy (ang. Individual Olympic Athletes). Wówczas żaden zawodnik z tego kraju nie zdobył medalu.

20 maja 2002 roku, po wcześniejszym przeprowadzeniu wyborów prezydenckich, Timor Wschodni ogłosił niepodległość.

Podczas 115. sesji MKOl (29 czerwca-4 lipca 2003 roku) w Pradze Timor Wschodni stał się członkiem Międzynarodowego Komitetu Olimpijskiego. Narodowy Komitet Olimpijski spełnił główny wymóg, którym było istnienie i poprawne funkcjonowanie pięciu związków sportowych (na Timorze Wschodnim funkcjonowały związki kolarstwa, badmintona, podnoszeniu ciężarów, boksu i tenisa stołowego)IOC recognises East Timor ETAN, lipiec 2003.

Sydney 2000