Brak drażniących Litwinów wzmianek o ewentualnej inkorporacji był ich sukcesem, wynikającym z chwilowej przewagi nad stroną Polską, spowodowanej niedawną klęską w Mołdawii. Niedługo potem Polacy, wykorzystując trudną sytuację Litwy podczas wojny litewsko-moskiewskiej 1500–1503, próbowali w unii mielnickiej przeforsować swoją koncepcję unii. Niezależnie od bieżących politycznych rozgrywek porozumienie krakowsko-wileńskie potwierdzało wolę elit politycznych obu państw do dalszego istnienia związku polsko-litewskiego i jego pogłębienia. Postanowienie o udziale jednej strony w wyborze władcy drugiej było bardzo niejasne i całkowicie pomijało poważny dla Jagiellonów aspekt, a mianowicie ich prawo dziedziczenia tronu litewskiego. Była to kwestia istotna nie tylko dla dynastii. Polacy zdawali sobie sprawę, że jeżeli będą chcieli zacieśnić unię w przyszłości, to ich uprawnienie do wyboru własnego władcy będzie tylko iluzoryczne przy dziedzicznym tronie na Litwie. Zapis ten powstał więc prawdopodobnie z inicjatywy strony polskiej. Z drugiej strony panowie litewscy nie chcieli pozbawiać się możliwości nacisku na Polaków, a Jagiellonowie nie mogli zrezygnować bez gwarancji dynastycznych w Polsce ze swego prawa.