W kwietniu 1977 odbył praktyki w NASA w Hampton w USA. Przebywał również na praktyce liniowej w 3 Flotylli Okrętów w Gdyni (1977) oraz w Dowództwie Wojsk OPK (1980). W sierpniu 1978 został powołany na zastępcę komendanta Instytutu do spraw naukowo-badawczych, od listopada 1982 pełnił obowiązki komendanta, a od lipca 1984 do grudnia 1989 był komendantem Instytutu Technicznego Wojsk Lotniczych. 12 kwietnia 1979 Rada Państwa PRL nadała mu tytuł profesora nadzwyczajnego nauk technicznych. Od 5 grudnia 1989 szef Badań i Rozwoju Techniki Wojskowej – zastępca Głównego Inspektora Techniki WP. W maju 1990 na mocy rozporządzenia Prezydenta RP został awansowany do stopnia generała brygady. Nominację wręczył mu w Belwederze 9 maja 1990 Prezydent RP gen. Wojciech Jaruzelski. W lutym 1992, na skutek konfliktu z ówczesnym szefem Sztabu Generalnego WP gen. dyw. Zdzisławem Stelmaszukiem i oskarżeń o zdradę tajemnicy wojskowej w dwóch opublikowanych artykułach prasowych, został odwołany przez ministra obrony Jana Parysa. W sierpniu 1992 śledztwo zostało umorzone z braku dowodów winy, a Jerzy Lewitowicz został zrehabilitowany i przywrócony na poprzednie stanowisko przez ministra obrony Janusza Onyszkiewicza.