Niemniej jednak zachowano wcześniej nakręcone ujęcia, stąd filmowy samochód w ujęciach kręconych z zewnątrz ma kierownicę czarną, a w ujęciach wewnątrz – białą.
Wyzwaniem dla Romana Polańskiego była praca z młodymi aktorami. Zygmunt Malanowicz wymagał odpowiedniej atmosfery oraz motywacji. Jolanta Umecka miała natomiast kłopoty z wyrażaniem emocji. Aby okazała strach w scenie, gdy chłopak niespodziewanie wraca na pokład, konieczny był wystrzał z rakietnicy oddany bez uprzedzenia za jej plecami. Trudności w realizacji Noża w wodzie wynikały również z osobistych doświadczeń reżysera, skłóconego z żoną Barbarą Kwiatkowską oraz głęboko dotkniętego śmiercią w wypadku samochodowym jego wykładowcy Andrzeja Munka. Polański, dowiedziawszy się o śmierci reżysera, wdał się w awanturę z jednym z milicjantów i musiał spędzić noc w areszcie. Wracając z Giżycka wraz z Goldbergiem, Polański miał wypadek samochodowy, w wyniku którego doznał pęknięcia czaszki i trafił na dwa tygodnie do szpitala. Mimo tych przeszkód zdjęcia ukończono w listopadzie 1961 roku.