W końcowej klasyfikacji PŚ w tym sezonie Małysz zajął siódme miejsce.
1996/1997 W Letniej Grand Prix został sklasyfikowany na szóstym miejscu. Nie skakał w pierwszym z konkursów, 18 sierpnia w Trondheim. Trzy dni później na Hans-Renner-Schanze w Oberhofie stanął na najniższym stopniu podium, tuż za Miką Laitinenem i Ari-Pekka Nikkolą. 25 sierpnia na Adlerschanze w Hinterzarten ponownie był trzeci, za Nikkolą i Laitinenem. 28 sierpnia na skoczni w Predazzo uplasował się na 18. lokacie. 1 września podczas ostatniego konkursu LGP w Stams Małysz zajął ostatnie, 49. miejsce po skoku na 62 metry. Jesienią skakał także w PK w Hakubie, zajął tam czwarte i drugie miejsce.
W sezonie zimowym 1996/1997 pierwszy raz punktował 30 listopada na skoczni w Lillehammer, zajął 28. miejsce. 7 grudnia podczas konkursu na Rukatunturi w Ruce był 19. Dzień później na tej samej skoczni uplasował się na 13. miejscu. 15 grudnia w Harrachovie zajął czwarte miejsce, za Primožem Peterką, Andreasem Goldbergerem i Kristianem Brendenem.