W trakcie podróży do Kolumbii, na Karaiby oraz Haiti Falcón zabiegał o pomoc finansową i militarną dla sił Federalistów.
W lipcu 1861 r. Falcón powrócił do Wenezueli. Siły liberałów stopniowo wzmacniały swoje pozycje, odnosząc sukcesy nad wojskami rządowymi. W grudniu 1861 r. doszło do pierwszych rozmów pokojowych, zakończonych jednak fiaskiem. W roku 1862 wojska federalistów osiągnęły kilka sukcesów m.in. pod Pureche, El Corubo, Mapararí oraz w najważniejszej bitwie pod Buchivacoa (26–27 grudnia). Przedłużająca się walka partyzancka znacznie osłabiła siły rządowe. Wielu żołnierzy zginęło, część zaś zdezerterowała. Po odcięciu przez siły Liberałów miejscowości Coro w kwietniu 1863 r. rozpoczęto kolejne rozmowy pokojowe.
W kwietniu 1863 r. prezydent José Antonio Páez oraz generał Falcón podpisali porozumienie pokojowe w Coche. Wojna zakończyła się zwycięstwem Liberałów, które nie zmieniło jednak znacząco ustroju ani kształtu społecznego Wenezueli. Dnia 24 grudnia 1863 parlament mianował generała Falcóna nowym prezydentem.