Wersja ta została zatytułowana Zeno Clash: Ultimate Edition i zawiera nowe tryby gry i funkcje, takie jak możliwość przechodzenia trybu wyzwań w kooperacji, nowe ataki, rodzaje broni, nową aktorkę głosową dla Deadry, galerię postaci i system świadomości.
Wydanie Zeno Clash wydano pierwotnie 21 kwietnia 2009 roku poprzez platformę dystrybucji cyfrowej Steam na system operacyjny Microsoft Windows. W Rosji w sprzedaży detalicznej grę wydała firma Noviy Disk, w Europie Iceberg Interactive, a w Stanach Zjednoczonych Tripwire Interactive. 5 maja 2010 roku firma Atlus opublikowała Zeno Clash: Ultimate Edition na konsolę Xbox 360 w usłudze Xbox Live Arcade. Po premierze ACE Team kontynuowało wspieranie tytułu, wydając modele postaci do użycia w Garry’s Mod, kilka poziomów do trybu wyzwań jako darmową zawartość do pobrania oraz software development kit. 19 maja 2009 studio ogłosiło, że w produkcji znajduje się kontynuacja tytułu, której premiera odbyła się 30 kwietnia 2013 roku.