Indonezję na Letnich Igrzyskach Olimpijskich 1988 reprezentowało 29 zawodników: 23 mężczyzn i 6 kobiet. Był to 8. start reprezentacji Indonezji na letnich igrzyskach olimpijskich.
Zdobyte medale Medal Zawodnik Dyscyplina Konkurencja Rezultat20px Srebro Lilies Handayani, Nurfitriyana Saiman-Lantang, Kusuma Wardhani 30px Łucznictwo gra drużynowa 952 punkty w finale
Skład kadry 30px Boks Mężczyźni Ilham Lahia - waga piórkowa - 17. miejsce Adrianus Taroreh - waga lekka - 17. miejsce
30px Lekkoatletyka Mężczyźni Mardi Lestari - 100 metrów - odpadł w półfinałach Elieser Wattebosi - 400 metrów - odpadł w eliminacjach Edward Nabunone 5000 metrów - odpadł w eliminacjach 10 000 metrów - odpadł w eliminacjach Mardi Lestari, Kresno Eko Pambudi, Elieser Wattebosi, Mohamed Yusuf - 4 × 100 metrów - odpadli w eliminacjach
30px Łucznictwo Mężczyźni Safruddin Mawi - indywidualnie - 48. miejsce
Kobiety Nurfitriyana Saiman-Lantang - indywidualnie - 9. miejsce Kusuma Wardhani - indywidualnie - 19. miejsce Lilies Handayani - indywidualnie - 30. miejsce Lilies Handayani, Nurfitriyana Saiman-Lantang, Kusuma Wardhani - drużynowo - 2. miejsce