Cele organizacji Celem członków Katipunanu był bunt przeciwko Królestwu Hiszpanii. Uważali oni, iż przemoc jest jedynym rozwiązaniem w odniesieniu do Hiszpanów i nie warto tracić czasu na obietnice dotyczące autonomii. Przyszłość widziano tylko w niepodległym państwie wyzwolonym spod zwierzchnictwa obcych mocarstw. Bonifacio proponował dla odrodzonego państwa nazwę Republika Katagalogan. Nie chciał odwoływać się do nadanej przez Hiszpanów nazwy Filipiny. Katipunan również jako pierwszy podjął na szerszą skalę debatę na temat całkowitej suwerenności Archipelagu Filipin.
Powstanie antyhiszpańskie 1896
W 1896 r. Katipunan był już na tyle mocną organizacją, że jego członkowie coraz poważniej zaczęli myśleć o podjęciu zbrojnej akcji przeciwko Hiszpanii. Okoliczności wydawały się być ku temu sprzyjające, ponieważ wojska hiszpańskie były w tym czasie zaangażowane na Kubie, gdzie w 1895 wybuchło powstanie. W celu przygotowania do buntu Bonifacio zaczął wydawać po kryjomu pismo Kalaian co w języku tagalog znaczy wolność. Starał się również przekształcić poszczególne sekcje Katipunanu w jedną zwartą strukturę. José Rizal był nadal więziony. W maju 1896 Katipunan wysłał do niego tajną delegację, której członkowie zaproponowali mu objęcie przywództwa w przyszłym powstaniu, ale odmówił.