W 1466 roku w wyniku II pokoju toruńskiego ziemia malborska została przyłączona do Polski. Komturzy elbląscy, którym podlegał zamek w Morągu, przenieśli się do Pasłęka.
Po śmierci wielkiego mistrza Ludwiga von Erlichshausena w 1467 roku namiestnikiem zakonu (zastępcą wielkiego mistrza) został dotychczasowy komtur pasłęcki (wcześniej elbląski) i wielki szpitalnik Henryk Reuss von Plauen. Nie przeniósł się on jednak do Królewca, ale swoją siedzibą uczynił zamek w Morągu. Stąd zarządzał Prusami Zakonnymi do swojego oficjalnego wyboru na wielkiego mistrza w 1469 roku.
Powracając z Piotrkowa, gdzie złożył pierwszy hołd pruski królowi polskiemu Kazimierzowi Jagiellończykowi, wielki mistrz Henryk Reuss von Plauen dostał udaru i zaniemógł. Dotarł na zamek w Morągu, gdzie zmarł 2 stycznia 1470 roku.
Po sekularyzacji zakonu w 1525 roku i utworzeniu Prus Książęcych zamek morąski stał się siedzibą starostów okręgu Prusy Górne.