Od czasu przeprowadzki przestał być czynnym konspiratorem ale utrzymywał kontakt korespondencyjny z komendantem organizacji – Bolesławem Tarnowskim, ps. „Wiktor”.
20 lipca 1951 r. w czasie spotkania członków organizacji w Gdyni (gdzie Izdebski przebywał na urlopie) został wraz z 2 innymi członkami mianowany na stopień porucznika organizacji. Otrzymał również dyplom uznania i nagrodę pieniężną za pracę na rzecz POP „Wolność”.
Aresztowanie, wyrok i śmierć 6 grudnia 1951 roku został aresztowany przez funkcjonariuszy Urzędu Bezpieczeństwa w Opolu i przewieziony do Gdańska do aresztu karno-śledczego przy ul. Kurkowej. Jego sprawa została włączona do sprawy Bolesława Tarnowskiego i pozostałych członków POP „Wolność”. 24 kwietnia 1952 roku został skazany na śmierć oraz utratę praw publicznych i przepadek mienia przez Wojskowy Sąd Rejonowy w Gdańsku. Wyroki śmierci otrzymało też siedmiu innych członków organizacji, pozostałych skazano na kary wieloletniego więzienia. Ojciec Zygmunta Izdebskiego wystosował do prezydenta Bieruta prośbę o łaskę, pod którą podpisało się kilkudziesięciu mieszkańców wsi Mąkosze, w której mieszkał. Prezydent nie skorzystał z prawa łaski.