Kiedy w 1582 roku, już po zapanowaniu reformacji, na Łotwę przybyli jezuici, prowadzili swoją misję także pod znakiem Marii; podobnie czynili dominikanie, dając budowanym przez siebie kościołom wezwania maryjne.
Historia kościoła i klasztoru XVII–XIX wiek W 1697 właścicielka ziemska Ewa Justyna Szostowicka, z domu Sielicka przy wsparciu biskupa inflanckiego Mikołaja Popławskiego zaprosiła dominikanów z Wilna do założenia w Agłonie klasztoru i przykościelnej szkoły. Pierwszym dominikaninem, który się tu zjawił w sierpniu 1698, był o. Remigiusz Mosokowski, prowincjał dominikanów wileńskich. W dniu 15 sierpnia tego samego roku pojawiły się doniesienia o objawieniu się Matki Bożej Annie, dziewczynie łatgalskiej, mieszkającej w byłym majątku Ewy Szostowickiej. Anna podczas modlitwy miała widzenie Matki Bożej trzymającej na prawym ręku Dzieciątko Jezus. Dokładnie w tym samym momencie przeor miał widzenie białego kościoła z dwoma wieżami. Taki kościół postanowiono wybrać oraz sprowadzono obraz podobny do widzenia Anny. W 1700 roku Ewa Justyna Szostowicka podarowała dominikanom 20 wsi z 90 domami i 2 folwarkami na rzecz budowy nowej świątyni. Akt fundacyjny kościoła z 8 kwietnia 1700 roku został ratyfikowany przez biskupa Popławskiego, króla polskiego, Augusta II i papieża Innocentego XII.