Kościół w Agłonie bardzo przypomina kościół dominikanów w Trokach na Litwie. Jego budowę nadzorował nowy przeor klasztoru o. Remigiusz Zahorowski, znaczący budowniczy kościołów i seminariów na Litwie. Kościół może pomieścić 400 osób, a po adaptacji około 3000. Sześć filarów dzieli jego wnętrze na trzy części. Na początku 1800 roku ściany zewnętrzne kościoła zostały otynkowane i pobielone. Ołtarz główny odznacza się imponującą dwupoziomową strukturą. W górnej części znajduje się cudowny obraz Matki Boskiej, a poniżej są drewniane rzeźby, figury świętych i małe obrazki świętych w zaokrąglonych ramkach. Dwa ołtarze boczne, zbudowane w 1827 roku zostały poświęcone św. Tomaszowi i św. Marii Magdalenie. Ważne renowacje miały miejsce w latach 30. i 50. XIX wieku. W 1835 roku kościół został pokryty metalowym dachem. Również latach 30. dodano do jego wyposażenia obrazy religijne i krzyże, a później dodatkowe ołtarze. Obecnie kościół posiada łącznie dziesięć ołtarzy znajdujących się w nawach bocznych i na filarach. Na wieży wisi sześć dzwonów, z których największy został odlany w Wilnie przez Daniela Vernera i poświęcony św. Dominikowi w dniu 14 sierpnia 1839 roku.