Wiosną 1945 roku współorganizował przerzut na zachód żołnierzy byłego Okręgu Wileńskiego AK. Został członkiem komendy eksterytorialnego Okręgu Wileńskiego AK, działającego na terenie obecnej Polski, w której pełnił funkcję kierownika komórki kontrwywiadowczej. W latach 1945–1946 był dowódcą Ośrodka Mobilizacyjnego Wileńskiego Okręgu Armii Krajowej (OMWOAK).
300px|thumb|left|Henryk Borowski po aresztowaniu przez MBP, 1948 thumb|240px|Groby por. Henryka Borowego-Borowskiego ps. „Trzmiel” i mjr Hieronima Dekutowskiego ps. „Zapora” w Panteonie – Mauzoleum Wyklętych-Niezłomnych na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie Został aresztowany 28 czerwca 1948 roku. Był bity i torturowany w śledztwie. Dołączono go do procesu OMWOAK, by udowodnić, że AK na Wileńszczyźnie współpracowała z Niemcami. Wojskowy Sąd Rejonowy w Warszawie 2 listopada 1950 roku skazał go na karę śmierci. W ostatnim słowie powiedział: Oskarżyciel publiczny żąda kary śmierci. Trudno, żołnierska to rzecz ginąć. Ale czuję się uczciwym człowiekiem i dobrym Polakiem dzisiaj jeszcze. Więcej do powiedzenia nic nie mam. Razem z Borowskim na karę śmierci skazani zostali: por. Lucjan Minkiewicz „Wiktor”, ppłk. Antoni Olechnowicz „Pohorecki” i mjr Zygmunt Szendzielarz „Łupaszka”. Wyrok wydał Mieczysław Widaj.