Singel nigdy nie miał solówki, więc pewnego razu, kiedy byliśmy już w trakcie zaawansowanych nagrań, Cantrell podszedł do mnie i zapytał: «chcesz zagrać solo w tym utworze, bo ja nie mam nic»”.
Znaczenie tekstu, analiza W rozmowie z brytyjskim tygodnikiem „Kerrang!”, DuVall odniósł się do interpretacji warstwy lirycznej: „Każdy z nas przeżył zdarzenie, gdzie mógł poczuć się jak główny bohater filmu 127 godzin – górski wspinacz, który wpadł w pułapkę, i w konsekwencji był zmuszony uciąć sobie dłoń – więc pisałem to z tej perspektywy”. Muzyk zaznaczył, że tekst reprezentuje więcej surwiwalizmu.
Tytuł utworu „Phantom Limb” odnosi się do neurologicznego zjawiska tzw. „kończyn fantomowych”, charakteryzujących się odczuwaniem bólu w miejscu nieistniejącej, amputowanej kończyny.
Brzmienie utworu charakteryzuje się ciężkim, melodyjnym i progresywnym brzmieniem, nastrojonym o pół tonu w dół według schematu D-G-C-F-A-D oraz częstymi zmianami tempa. Kompozycja posiada także dynamiczne solo autorstwa DuValla, który jednocześnie sprawuje partie wokalu prowadzącego. Muzyk wykorzystał w utworze model gitary Gibson Les Paul i wzmacniacz firmy Marshall Amplification.