Odkryto tylko 6 pozaczaszkowych znalezisk Archaeoindris. 2 z nich należą do dorosłych zwierząt i obejmują uszkodzoną kość ramienną i prawie kompletną kość udową. 4 kolejne pochodzą od osobnika młodocianego, zawierają uszkodzoną kość ramienną, uszkodzoną kość łokciową i dwie kości udowe, przy czym brakuje im obu nasad na obu końcach (proksymalnym i dystalnym). Archaeoindris zalicza się do najrzadszych lemurów subfosylnych. Kilka znanych okazów znaleziono w Ampasambazimba na terenie Central Highlands. Wykopaliska prowadzone przez multidyscyplinarny zespół malgasko-amerykański w tym miejscu w latach 1983-1984 nie znalazł żadnych nowych subfosylnych szczątków. Nie ma innych potencjalnych miejsc, gdzie można by je znaleźć.
W przeszłości pewne szczątki innych subfosylnych lemurów mylnie przypisano rodzajowi Archaeoindris. Doprowadziły do tego nieprawidłowe interpretacje anatomii i behawioru zwierzęcia. W 1934 Lamberton nie dostrzegł wcześniejszych błędów w zaszeregowaniu znalezisk i nieprawidłowo zaszeregował piszczel i strzałkę z gatunku Megaladapis grandidieri do Archaeoindris. Z powodu tych pomyłek i wykorzystania niedojrzałych kości przez Lambertona, rekonstrukcja zwierzęcia sporządzona została niewłaściwie.