Służbę na ORP „Gryf” pełnił do 10 czerwca 1938.
W 1939 kolejno pełnił funkcję: zastępcy dowódcy ORP „Wilia”, następnie był dowódcą ORP „Czapla” – okrętu w budowie i przy odbiorze oraz dowódcą ORP „Mewa”.
Od 5 czerwca do 1 września 1939 był dowódcą szkolnego okrętu artyleryjskiego ORP „Mazur” – do zatopienia okrętu w czasie walk na Oksywiu. Jako dowódca, na swoim okręcie kierował zajęciami na Kursie Oficerów Artylerii Morskiej – KOAM.
Udział w obronie wybrzeża w 1939 1 września 1939 ORP „Mazur” dowodzony przez kap. mar. Tadeusza Rutkowskiego cumował przy molu (razem z ORP „Nurek”) w porcie wojennym na Oksywiu. Miał zadanie przewiezienia materiałów wojskowych z Gdyni na Hel. O godz. 14.00 port zaatakowały niemieckie samoloty Junkers JU 87 Stuka z eskadry IV/LG 1. Okręty, zostały obrzucone bombami. Mimo rozpaczliwego ognia polskiej obrony, samoloty wkrótce dotarły nad cele, którymi stały się gotowe do wypłynięcia „Mazur” i „Nurek” (także trafiony i zatopiony). W czasie nalotu i bombardowania, jedna z bomb, trafia w molo na wysokości dziobu ORP „Mazura”, powodując pęknięcie kadłuba. Okręt zaczął tonąć. Kolejna bomba eksplodowała na śródokręciu, w wyniku, czego okręt przełamał się na pół i osiadł na stępce. Wybuch bomby i kotłów okrętowych wyrzucił dowódcę kpt. mar. T. Rutkowskiego do morza.