W trakcie eksploatacji wyszły na jaw problemy z wytrzymałością strukturalną samolotu oraz jego niezadowalające osiągi i produkcja została zakończona po 20 egzemplarzach.
W początkowym okresie wojny samoloty te służyły w roli samolotów ZOP, w późniejszym czasie służyły w roli samolotów szkolnych i transportowych.
W czasie wojny samolot nosił amerykańską nazwę kodową Cherry.
Konstrukcja Patrolowa łódź latająca Yokosuka H5Y była dwusilnikowym górnopłatem typu parasol. Napęd stanowiły 14-cylindrowe, chłodzone powietrzem silniki gwiazdowe typu Mitsubishi Shinten 21 o mocy 1200 KM każdy.
Samolot mierzył 20,5 metrów długości i 6,71 metrów wysokości, rozpiętość skrzydeł wynosiła 31,57 metrów. Powierzchnia skrzydeł wynosiła 107,7 metrów kwadratowych. Masa własna wynosiła 7070 kilogramów, a masa startowa wynosiła do 11.500 kilogramów.
Uzbrojenie obronne stanowiły trzy pojedyncze karabiny maszynowe kalibru 7,7 mm, samolot mógł być także uzbrojony w dwie bomby lotnicze o masie 250 kilogramów każda.