Szpital składał się z 14 baraków różnej wielkości i przeznaczenia. Oprócz baraków dla rannych były między innymi w szpitalu także sala operacyjna, izolatka, barak rentgenowski, pokój dla lekarzy, barak dla personalu, dom inwalidów, skład żywności, kuchnia, pralnia i łaźnia, stolarnia i cała centrala elektryczna.
Umarłych najpierw chowano na wiejskim cmentarzu, potem zaś na lewym brzegu Čerinščicy, tuż przed wejściem do wąwozu. Umarłym do grobu kładziono butelkę z danymi (imię, nazwisko, także datę urodzenia i śmierci oraz powód śmierci). Po wojnie przeniesiono ich do wspólnego grobu na cmentarzu w Cerknie. W szpitalu wydawano też własny biuletyn Bolniški list. Chociaż szpital Franja był słoweńskim szpitalem wojskowym, leczyli się w nim też Włosi, Francuzi, Rosjanie, Polacy, dwaj Amerykanie i dwaj Austriacy, co świadczy o szanowaniu konwencji genewskiej, gdyż byli w tym czasie Włosi i Austriacy po stronie Niemców. 52 lata po wojnie, to jest w 1997, Amerykańskie Stowarzyszenie Lotników-Weteranów Wojennych wyraziło Szpitalowi Partyzanckiemu Franja uznanie za pomoc i leczenie ich członka, Harolda Adamsa.