Życie prywatne Haggerty był dwukrotnie żonaty. W 1959 ożenił się z Diane Rooker, w wieku 17 w kaplicy ślubnej w Las Vegas, nazywanej Silver Slipper Hotel. Z Diane miał dwie córki - Tracey i Tammy. Rozwiedli się w roku 1984, w którym Haggerty ponownie się ożenił z Samanthą Hilton. Mieli dwóch synów - Dylana i Cody'ego oraz córkę Megan. Byli małżeństwem aż do śmierci Samanthy po wypadku motocyklowym - 10 sierpnia 2008.
Haggerty mieszkał na małej farmie w Malibu Canyon z asortymentem dzikich zwierząt, które miał oswojonego przy urodzeniu lub uratowany przed obrażeniami. W 1977, jego broda zapaliła od płonących koktajli, było to oparzenie trzeciego stopnia ramion. W 1991, po wypadku motocykla, został hospitalizowany, po śpiączce odzyskał przytomność bez skutków ubocznych.
W sierpniu 2015 po przejściu operacji kręgosłupa, gdy został odkryty guz na kręgosłupie, zdiagnozowano u niego nowotwór złośliwy rdzenia kręgowego. Zmarł 15 stycznia 2016 w St. Joseph Hospital w Burbank w Kalifornii, na raka kręgosłupa, w wieku 73. lat.