Ekspedycja W roku 1806 kapitan Pike otrzymał rozkaz poprowadzenia ekspedycji badawczej na terytorium Luizjany i znalezienia źródeł rzek Arkansas i Red. Wyprawa wyruszyła 15 lipca 1806 roku. W pierwszych dniach listopada Pike i jego zespół próbowali zdobyć szczyt, który nazwano wówczas jego imieniem (Pikes Peak). Pnąc się w głębokim po pas śniegu dotarli jedynie do jednego z niższych wierzchołków (Mt. Rosa). Od dwóch dni byli bez pożywienia.
Ekspedycja zakończyła się 26 lutego 1807 roku, kiedy to on – wraz z częścią towarzyszy – został zatrzymany przez hiszpańskich żołnierzy na północy Nowego Meksyku (obecnie południowe Kolorado). Pike i jego ludzie zostali zabrani do Santa Fe, wówczas stolicy prowincji Chihuahua, gdzie trafił w ręce gubernatora, generała Salcedo. Drugim więźniem był kartograf Juan Pedro Walker, który posłużył za tłumacza.
Hiszpania wystosowała oficjalny protes do rządu Stanów Zjednoczonych w związku z ekspedycją Pike’a, ale – wobec tego, że kraje nie były w stanie wojny – gubernator zwolnił zatrzymanych. Hiszpanie odstawili Pike’a i większość jego ludzi na północ i 1 lipca 1807 roku zwolnili ich na granicy z Luizjaną.