Struktura i zaplecze operacyjne Siedziba spółki mieści się przy ul. Kołobrzeskiej 28 w Gdańsku. Według danych rejestrowych przedsiębiorstwo działa jako spółka akcyjna pod firmą Przedsiębiorstwo Przewozu Towarów PKS Gdańsk-Oliwa Spółka Akcyjna. Spółka posiada numer KRS 0000066693, NIP 5841031823 oraz REGON 190880924.
W 2026 roku sieć operacyjna przedsiębiorstwa obejmowała 9 oddziałów w Polsce: Gdańsk, Pruszcz Gdański, Kwidzyn, Szczecin, Słubice, Warszawa, Radom, Wrocław, Białystok, jeden oddział na Węgrzech oraz 7 magazynów: Gdańsk, Pruszcz Gdański, Łódź, Kraków, Lędziny, Mokrzec, Jasionka k. Rzeszowa.
Jakość, certyfikaty i organizacje branżowe PKS Gdańsk Oliwa deklaruje posiadanie certyfikatów i uprawnień związanych z obsługą transportu i logistyki, w tym ISO 9001:2015, AEO, ADR, WSK, NCAGE, HACCP oraz ATP.
Spółka wskazuje również przynależność do organizacji i sieci branżowych, takich jak Zrzeszenie Międzynarodowych Przewoźników Drogowych w Polsce, Pomorskie Stowarzyszenie Przewoźników Drogowych, WCA oraz Elite Global Logistic Network.