Sytuację zaburzały częste ingerencje mocarstw spoza kręgu kaukasko-bliskowschodniego. W VII wieku Zakaukazie zostało podbite przez Arabów i włączone w granice kalifatu bagdadzkiego. W drugiej połowie XI wieku opanowali je Turcy seldżuccy (Oguzowie). Po okresie zamętu w latach 1231-1260 Zakaukazie zostało podbite przez Mongołów i stało się częścią państwa ilchanów (Hulagidów), spornym ze Złotą Ordą. Na przełomie XV i XVI wieku wschodnie Zakaukazie najechały wojska Tamerlana, ale po krótkim panowaniu wypełnionym bezustannymi buntami i rzeziami władza Timurydów upadła i panowanie nad Zakaukaziem i Azerbejdżanem objęło efemeryczne turkmeńskie państwo Ak-Kojunłu. Dłuższy okres stabilizacji nastąpił w XVI-XVII wieku pod władzą dynastii Safawidów, która, wyszedłszy z jednego z państewek azerbejdżańskich, opanowała całą Persję. W wojnach safawidzko-osmańskich doszło do kolejnego podziału Zakaukazia, w którym obszary dzisiejszego Azerbejdżanu i Armenii znów przypadły Persji.