Zwolniony ze stanowiska w 1977 po awariach systemu dokowania, konstrukcji jego ośrodka NII-648, w statkach Sojuz (przede wszystkim Sojuz 23). Decyzja o zwolnieniu została podjęta jeszcze przed przygotowaniem końcowego raportu przez komisję dochodzeniową, motywowana niewystarczającymi testami naziemnymi i wątpliwymi procedurami pomiarowymi głównych parametrów instrumentów na wszystkich etapach ich wytwarzania, testowania i pracy, co doprowadziło do niewypełnienia programu lotu misji Sojuz 23. Ministerstwo obrony podjęło pisemną decyzję o jego zwolnieniu. Będąc na poligonie 9 grudnia 1976 został pilnie wezwany do Moskwy. Dzień później spotkał się z szefem dyrektoriatu ministerstwa, który chciał, aby Mnacakanian złożył rezygnację dobrowolnie. Ponieważ odmówił, 6 stycznia 1977 minister wydał decyzję o zwolnieniu go: Za niezapewnienie prawidłowego nadzoru nad działaniami instytutu, towarzysz A. S. Mnacakanian zostaje zwolniony ze stanowiska dyrektora i głównego konstruktora NIITP.