1828) i rozpoczął niedokończone wydanie arabskich roczników At-Tabariego: Annales Taberlstanenses (Greifswald 1831-53), arabskiego zbioru pieśni Kitab al-Aghani (Tom 1, 1846 rok) i indyjskiego zbiór bajek Pantschatantra, którego pierwsza część ukazała się w Bonn w 1848 roku, a druga w Greifswaldzie w 1859 roku.
Od 1837 roku dużo pracy poświęcił badaniu historii Pomorza i języka tego obszaru, co stało się główną dziedziną jego badań.
W tym okresie wydał Pommersche und rügische Geschichtsdenkmäler (Greifswald 1834), była to kontynuacja kronik Kantzowa i Codex Pomeraniae diplomaticus (Greifswald 1843).
Niedokończone są również wydania arabskich poematów The Hudsailian poems (Londyn 1854) i Wörterbuch der niederdeutschen Sprache (Tom 1, Greifswald 1859-60). Napisał także obszerną historię Uniwersytetu w Greifswaldzie (Greifswald 1856 do 1857, 2 Tomy), oraz artykuły na temat dialektów maltańsko-arabskiego i niemieckiego języka.
W latach 1829, 1838 i 1851 był rektorem Uniwersytetu w Greifswaldzie.
Swoje liczne manuskrypty i rękopisy na temat orientalnej i niemieckiej literatury przekazał uniwersytetowi w Greifswaldzie.
Johann Kosegarten zmarł 18 sierpnia 1860 roku w Greifswaldzie, gdzie został pochowany na cmentarzu Alter Friedhof.