Kościół ten za sprawą przywileju odpustowego nadanego przez biskupa Rudolfa z Rüdesheimu stał się celem lokalnego ruchu pielgrzymkowego.

Gdy w 1545 do samodzielnych rządów doszedł w Księstwie Cieszyńskim Wacław III Adam, na podległym mu obszarze rozpoczęła się Reformacja, objawiająca się m.in. sekularyzacją dóbr zakonnych. Nie ominęła ona klasztoru w Orłowej, gdzie budynki klasztorne zostały później rozebrane.

W 1654 reorganizacji uległa struktura administracyjny miejscowego Kościoła, a parafia w Orłowej została podległa nowemu archiprezbiteratowi (dekanatowi) we Frysztacie. Benedyktyni nigdy już nie odzyskali swych dóbr, choć bardzo starał się o to wybrany w 1710 na ojca i opata orłowskiego ojciec Lambert Klöhn, a po tym jak nie uzyskał wsparcia tynieckich przełożonych i odsunięto go z urzędu w 1718 doprowadził do podporządkowania klasztoru orłowskiego czeskiej kongregacji benedyktynów w Broumovie. Odtąd proboszczów w Orłowej mianowano klasztorze broumovsko-břevnovskimJ. Spyra, 2012, s. 293. W 1769 powstał nowy dekanat w Karwinie, do którego przeniesiono parafię w Orłowej.