W okresie Reformacji oba te kościoły zostały przejęte przez ewangelików. 24 marca 1654 zostały im odebrane przez specjalną komisję. Jeszcze w tym roku parafia w Cierlicku podporządkowana została pomniejszonemu archiprezbiteratowi (dekanatowi) w Cieszynie.
W 1769 powstał nowy dekanat karwiński, do którego przeszła parafia w Cierlicku. W tym samym roku rozpoczęto budowę nowego murowanego kościoła ukończona w 1772, poświęcony Świętej Trójcy.
Po wojnach śląskich i oddzieleniu granicą od diecezjalnego Wrocławia, będącego w odtąd w Królestwie Prus, do zarządzania pozostałymi w Monarchii Habsburgów parafiami powołano w 1770 Wikariat generalny austriackiej części diecezji wrocławskiej.
Według schematyzmu austriackiej części diecezji wrocławskiej z 1847 roku parafia w Cierlicku w archiprezbiteracie karwińskim obejmowała Cierlicko Górne (937 katolików, 444 akatolików, 5 żydów), Cierlicko Dolne (274/208/27), Stanisłowice (369/157/10), Grodziszcz (372/481/4), Kocobędz (219/248/5), Mistrzowice (56/252), Koniaków (149/172) i Koty (107/126/5), w sumie 2483 katolików, 2084 akatolików i 56 żydów.