11 maja 2016 w spotkaniu z Detroit Tigers rozegranym na Nationals Park wyrównał rekord MLB zaliczając 20 strikeoutów w regularnym 9-zmianowym meczu. Wcześniej dokonali tego Roger Clemens (dwukrotnie w 1986 i 1996), Kerry Woods (1998) oraz Randy Johnson (2001). W sezonie 2016 zaliczył najwięcej strikeoutów w MLB (234), zanotował bilans 20–7 i po raz drugi w swojej karierze otrzymał Cy Young Award. Scherzer został szóstym miotaczem w historii MLB, który otrzymał tę nagrodę w obydwu ligach.
14 maja 2017 w meczu z Philadelphia Phillies zanotował drugi w historii klubu immaculate inning. 11 czerwca 2017 w spotkaniu z Texas Rangers został trzecim najszybszym miotaczem w historii MLB (po Pedro Martínezie i Randym Johnsonie), który osiągnął pułap 2000 strikeoutów. Dokonał tego narzucając w 1784 zmianach. 1 sierpnia 2017 w meczu przeciwko Miami Marlins zdobył swojego pierwszego home runa w MLB.
30 lipca 2021 w ramach wymiany zawodników przeszedł do Los Angeles Dodgers. 12 września 2021 w meczu rozegranym na Dodger Stadium, gdzie przeciwnikiem drużyny z Los Angeles był zespół San Diego Padres, Scherzer został dziewiętnastym miotaczem w historii MLB, który osiągnął pułap 3000 strikeoutów w karierze.