Porozumienie z roku 1991, zawarte przez miasto Portland i stan Oregon, zmierzające do ostatecznego zmniejszenia zagrożenia powodziowego doprowadziło do uruchomienia tzw. Big Pipe Project. To zamierzenie, zrealizowane w 2011 roku kosztem 1,44 mld USD, odseparowało kanalizację miejską od kanalizacji burzowej, która w przeszłości powodowała zalewanie miasta. W roku 2011 miasto Portland uznało, że Big Pipe zmniejszy w przyszłości zagrożenie powodziowe o 94%.
W roku 1998 rzeka Willamette została uznana przez prezydenta Billa Clintona za jedną z czternastu rzek amerykańskiego dziedzictwa.
Zapory thumb|left|Detroit Dam jest największą zaporą wodną w dorzeczu Willamette River Na dopływach Willamette znajduje się ponad dwadzieścia zapór, nie licząc dziesiątek jazów, śluz i kanałów, które pozwalają lepiej kontrolować skłonną do wylewów rzekę.
Jedyną zaporą w głównym nurcie rzeki jest zapora przy Wodospadzie Willamette powyżej Oregon City, niska konstrukcja typu grobla na samej krawędzi wodospadu, która kieruje wodę do turbin hydroelektrowni, papierni i innych zakładów przemysłowych.