W trakcie produkcji dokonano kilku zmian w porównaniu z bazową wersją A6M2, założono dłuższy kołpak na śmigło, wymieniono niektóre blachy poszycia samolotu. W A6M2 używano blachy wykonanej ze stopu aluminium i magnezu, która okazała się ona być bardzo podatna na korozję, co w przypadku samolotu operującego bezpośrednio z morza było wykluczone. W późnych egzemplarzach seryjnych zwiększono wysokość statecznika pionowego ścinając jego zaokrągloną końcówkę. Zmniejszono również wielkość płetwy pod pływakiem głównym.
Służba Aleuty thumb|A6M2-N na wyspie Attu 6 czerwca 1942 roku Japonia wysadziła desant na wyspach Kiska i Attu położonych w archipelagu Aleutów. Pierwotnie operacja miała odwrócić uwagę Amerykanów od ataku na MidwayZbigniew Flisowski, Burza nad Pacyfikiem, Wydawnictwo Poznańskie, 1989, . Żadna z opanowanych przez Japończyków wysp nie dysponowała lotniskiem, w związku z tym Japończycy stanęli przed problemem budowy lotniska. Wraz z desantem przybył na Aleuty okręt-baza wodnosamolotów „Kimikawa Maru”, na którego pokładzie przybyło osiem wodnosamolotów Aichi E13A1.