Załamanie działalności W lutym 2014 roku spółka poinformowała, że nieprawidłowości w transferach były związane z wykorzystaniem błędu w systemie bitcoina, a wewnętrzna kontrola ujawniła zniknięcie znacznej liczby bitcoinów oraz rozbieżności w stanie środków pieniężnych klientów. Reuters podawał jednak, że wyjaśnienia spółki dotyczące przyczyn kryzysu były kwestionowane przez część ekspertów. 25 lutego 2014 zamknięto stronę internetową giełdy, a 28 lutego 2014 spółka złożyła w Tokio wniosek o objęcie ochroną przed wierzycielami w ramach japońskiej procedury minji saisei (civil rehabilitation). W dokumentach spółki podano, że zniknęło około 750 tys. bitcoinów klientów oraz około 100 tys. bitcoinów należących do samej spółki.
16 kwietnia 2014 tokijski sąd oddalił wniosek spółki o rehabilitację cywilną, a 24 kwietnia 2014 rozpoczęto wobec spółki postępowanie upadłościowe.
Później poinformowano o odnalezieniu około 200 tys. bitcoinów w starym portfelu cyfrowym.
Postępowania po upadku 22 czerwca 2018 tokijski sąd rozpoczął wobec Mt.Gox postępowanie civil rehabilitation, wstrzymując toczące się wcześniej postępowanie upadłościowe. 5 lipca 2024 rozpoczęto spłaty części wierzycieli w bitcoinie i Bitcoin Cash.