W odróżnieniu od innych emigrantów napływających do Azerbejdżanu, Ormianie zaczęli z czasem postrzegać Azerbejdżan jako terytorium należne im ze względów historycznych, część Wielkiej Armenii, a zarazem część niepodległego państwa narodu ormiańskiego, które zamierzali zbudować. Dążenia ormiańskie spotykały się z negatywnym przyjęciem rdzennej, muzułmańskiej ludności azerskiej. Narodowy ruch ormiański rozwijał się dynamicznie, w 1890 utworzona została Armeńska Federacja Rewolucyjna (Dasznakcutiun, dasznacy), łącząca program emancypacji narodowej z postulatami socjaldemokratycznymi. Partia ta początkowo uznawała za swojego głównego wroga Turcję, jednak już po kilku latach od powstania zwróciła się przeciwko carskiej Rosji pod wpływem polityki namiestnika Kaukazu Grigorija Golicyna, który podjął działania na rzecz rusyfikacji szkół ormiańskich i przeciwko Kościołowi Ormiańskiemu.

Antagonizm azersko-ormiański narastał także na tle ekonomicznym. Podczas gdy muzułmanie byli z reguły robotnikami, a w znacznej części żyli na wsi, Ormianie zajmowali się handlem i często posiadali własne przedsiębiorstwa, a koncentrowali się w miastach.