Opis obrazów Tak jak powstałe w tym samym okresie mniejsze wersje świętego Franciszka w ekstazie, tak i te były przeznaczone dla prywatnych odbiorców. El Greco tworząc tak wiele wersji, nie zmieniał kompozycji a jedynie pozy świętego; jego układ rąk czy kierunek spojrzenia. Najczęściej łączył różne koncepcje tworząc nowe wersje; tutaj Franciszek ma identyczny układ rąk jak w wersji ze Świętego Franciszka medytującego, ale pozycja głowy i kierunek spojrzenia są podobne do wersji z 1590 (Święty Franciszek otrzymujący stygmaty).
Wersja z Tokio została sprzedana w grudniu 2012 roku za kwotę 163.250 funtów. Obraz do 1962 roku był uznawany za dzieło El Greca, jednakże Harold Wethey zakwestionował atrybucje i nie umieścił go w swoim katalogu. Jego wątpliwości potwierdzili historycy z muzeum Prado. Istnieją natomiast dwie bardzo podobne wersje, co do których nie ma wątpliwości (wymienią je zgodnie Wethey, Gudiol i Cossío), iż wyszły spod ręki mistrza lub powstały w jego pracowni. Różnicą rzucającą się w oczy jest umieszczenie przed Franciszkiem dwóch jego atrybutów: ludzkiej czaszki i opartego o nią krucyfiksu, który wcześniej objawiał się na obłoku.