Został pochowany w Kościele Karmelitów Bosych w Kownie, a jego wileński pałac spłonął 11 czerwca 1748 podczas pożaru miasta.
Dobra i fundacje Józef Niemirowicz-Szczytt posiadał znaczne dobra w województwie połockim (m.in. Juchowicze, Wichowicze, Prozoroki, Szo, Sanniki, Rudniki, Bobynicze, Orzechowno, Pojeziory), a także Karolowy Most, Klepacze, Datnów i Wojdatany,
Podobnie jak ojciec, był współfundatorem i dobrodziejem klasztoru karmelitów bosych w Kownie, w którym został pochowanyRocznik Towarzystwa Przyjaciół Nauk w Wilnie, Tom V, rok 1914, s. 196-201. Zobowiązał się również do wybudowania, zapewniając ku temu środki finansowe, murowanego kościoła dla bernardynów w Datnowie.
Główną rezydencją Józefa i jego potomków były Juchowicze.
W Wilnie do 1748 znajdował się jego pałac.
Rodzina Poślubił Petronellę Scholastykę Wolodkowicz (Wołodkiewicz) h. Radwan (1708–1779 Kowno), córkę Franciszka, wojskiego mińskiego, i Zofii z Wańkowiczów, kasztelanki mińskiej, a siostrę Michała, męża Teresy Pacówny (córki pisarza wielkiego litewskiego Krzysztofa Konstantego).