W latach 1928–1946 był przewodniczącym komisji w instytucie Göttinger Septuaginta-Unternehmen.
Działalność Bauer badał okres wczesnego chrześcijaństwa. Jego najbardziej znane dzieło to Rechtgläubigkeit und Ketzerei im ältesten Christentum (Ortodoksyjność i herezja w najwcześniejszym chrześcijaństwie)(Tybinga 1934). W pracy tej udało mu się udowodnić, że ortodoksyjna nauka wczesnego Kościoła w żadnym wypadku nie jest najstarszą nauką. Przede wszystkim na podstawie znalezionych pism w Egipcie i Azji Mniejszej mógł wykazać, że wczesne wspólnoty chrześcijańskie rozwinęły najpierw gnostyczne idee. Z biegiem czasu przeforsowano ostatecznie zasady wiary Kościoła rzymskiego, który swoje rozwinięte nauki określił jako pierwotne a oryginalne nauki napiętnował jako heretycki odłam. Chociaż praca jego została opublikowana w 1934 roku, była ona w okresie powojennym w środowisku międzynarodowym przeważnie ignorowana. Dopiero w 1971 roku została wydana w języku angielskim. Dzisiaj poglądy Bauera podziela znaczna część naukowców, którzy ortodoksyjne nauki Kościoła rozumieją jako kształtowanie pierwszych ortodoksyjnych idei. Kolejną wybitną jego pracą oprócz komentarzy pism apostoła Jana jest przede wszystkim Griechisch-deutsche Wörterbuch zu den Schriften des Neuen Testaments und der übrigen urchristlichen Literatur.